국고보조금은 정치자금법 제27조(보조금의 배분)에 따라 지급당시를 기준으로 선관위에 등록된 정당에 대하여 지급하되, 우선 동일 정당의 소속의원으로 교섭단체를 구성한 정당에 총액의 50%를 균등 배분하고, 5석 이상 20석 미만의 의석을 가진 정당에는 총액의 5%씩을, 의석이 없거나 5석 미만의 의석을 가지면서 일정요건을 충족하는 정당에는 총액의 2%씩을 각각 배분한다.

위의 기준에 따라 배분하고 남은 잔여분 중 절반은 국회의석을 가진 정당을 대상으로 그 의석수 비율에 따라, 그리고 나머지 절반은 역시 국회의석을 가진 정당에 대하여 최근 실시한 국회의원선거에서의 득표수 비율에 따라 배분․지급한다.